Les habitants de l'île de Minami-sakōjima s'inquiétaient du départ de la population, à cause de la fermeture de l'usine Demizugawa (elle était la principale)...Une coalition se forme, bien plus tard, entre le lycée Takamidsuka et la compagnie Rinchu Real-Estate. Ils veulent en effet construire un grand complexe hôtelier et détruire le Pensionnat Tsugumi.Le directeur déclare alors vouloir fermer le pensionnat si le nombre d'élèves tombe en dessous de 5. Au moment où se déroule l'histoire, ils sont au nombre de 5 : Umi, Naoko, Miyaho, Shizu et Wataru.Mais, au printemps prochain, Naoko entrera à l'université, et les autre s'en iront également.Le pensionnat fermera donc et les élèves seront tous séparés les uns des autres.Mais c'est sans compter sur le fait qu'une étudiante transférée arrive au pensionnat Tsugumi. Elle se comporte très mal et déteste les autres pensionnaires. Cependant, Wataru essaye de créer un contact avec elle et il réalise, un jour, qu'elle est une très bonne athlète...

Autrefois rejeté et brutalisé par ses camarades de classe et surtout incompris de son père qui l'a élevé seul, Torii Shinichi vit aujourd'hui en marge de la société : il est ce qu'on appelle un hikikomori. Programmeur en informatique, il est doté d'une capacité de raisonnement hors-norme et pourvu d'une perspicacité imparable malgré son innocence enfantine.Employé d'une compagnie d'assurance, son meilleur ami Sakaki Tsukasa l'oblige constamment à sortir de chez lui. Ainsi, tous deux se retrouvent souvent impliqués dans de petites mésaventures, ce qui contraint le duo à devoir résoudre mystères et incidents se dressant sur leur route.Les deux jeunes hommes sont très proches et se sont mutuellement soutenus jusqu'alors. Ils vont d'ailleurs réaliser, tout en aidant leurs prochains, qu'ils ont chacun un rôle important à jouer dans l'existence de l'autre.