De retour à Edo deux ans après son départ, Gintoki rencontre pour la première fois Shinpachi après de multiples péripéties. Toutefois, le samouraï aux cheveux argentés continuent de cacher son identité à ses proches. Pendant ce temps, Kondo est sur le point de se marier avec la princesse Bubbles, avec qui il aurait eu un enfant, Junior. Mais pendant leur cérémonie de mariage, un invité surprise débarque : le vrai père de Junior !

A l'époque Edo, les samurais étaient respectés de tous, mais la venue des Amanto (aliens) ont entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki décide de vivre à sa manière en devenant un freelancer (personne qui accepte des petit boulots pour rendre service). Accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, il vivent et se battent en tant que hors-la-loi.