L'histoire, adaptée du jeu du même nom, se centrera sur le personnage de Shôgo Ryûjin. Ce dernier, grâce à l'aide d'une Bone Card, a la capacité de se transformer en Bone Fighter Dragonbone, afin de protéger la Terre.

Le père de Katsuragi Yako est mort. La chambre était fermée de l'intérieur. Suicide. Affaire classée. Mais Yako n'y croit pas et cherche à comprendre pourquoi on aurait voulu le tuer. C'est alors qu'elle se pose des questions qu'elle rencontre, comme collé au plafond, un homme très bizarre : Nougami Neuro. Celui-ci lui propose de résoudre son énigme si elle accepte de jouer les façades pour lui.