En 1986, Kinzô Ushiromiya, à la tête de la famille Ushiromiya, étant mourant, décide d'inviter les onze membres de sa famille à se rendre sur l'île privée de Rokkenjima afin de se décider sur le déroulement de son héritage.Sur cette île se trouve également cinq serviteurs, ainsi que le physicien de M. Ushiromiya. Cependant, une soudaine tempête empêchera les personnes présentes sur l'île de partir. Peu après, les personnages commencent à disparaître mystérieusement.

Le jeune Keiichi Maebara emménage dans une nouvelle maison au cœur du paisible village d’Hinamizawa. Arrivé au moment du plus grand festival de l’année, il sympathise rapidement avec des filles de son école. Mais quelque chose semble clocher dans cette petite ville isolée… Keiichi se sent de plus en plus angoissé, ignorant totalement d’où lui vient ce sentiment. Quels sombres secrets les villageois pourraient-ils cacher ?