Madoka Kaname mène une vie paisible au collège Mitakihara en compagnie de ses amies Sayaka Miki et Hitomi.Un jour de cours, une nouvelle élève est transférée dans la classe de Madoka et ses amies. Elle se prénomme Homura Akemi.Peu de temps après, Madoka tombe nez à nez avec une créature se faisant appeler Kyuubey fuyant Homura, usant de pouvoirs pour la détruire.Madoka ne se doute pas que cette rencontre va chambouler sa vie paisible…

Une magicienne, Iroha Tamaki, cherche sa sœur disparue dans la mystérieuse ville de Kamihama, où les sorcières puissantes et les nouveaux types de créatures étranges abondent…