Scooby-Doo et ses quatre inséparables amis, Sammy, Vera, Fred et Daphné, sont à nouveau réunis pour de trépidantes aventures. A bord de leur éternel van, la Mystery Machine, ils sillonnent les lieux les plus reculés aux plus exotiques, afin de résoudre de mystérieuses énigmes. Les vilains peuvent trembler car nos 5 enquêteurs sont de retour !

Le psychiatre Jason Seaver décide d'installer son cabinet chez lui, tandis que son épouse, Maggie, reprend son métier de journaliste. Il lui faut donc s'occuper de leurs trois enfants...

Ayumu Tanaka est un lycéen qui est secrètement amoureux de Urushi Yaotome, son aînée qui est aussi la présidente du club de shôgi. Il a juré de lui avouer ses sentiments après avoir réussi à la battre dans une partie de shôgi. Cependant, étant encore un novice, Urushi le bat toujours. De son côté, elle essaie de pousser Ayumu à avouer ses sentiments même s'il ne se laisse que rarement distraire. Bien que le jour de sa victoire ne soit pas près d'arriver, Ayumu va réussir à la mettre "en échec" par d'autres moyens.