Un groupe de mutants s'efforce de protéger un monde qui les hait et les craint.

Le mythe des X-Men revisité durant l'adolescence. Cyclope, Jean Grey, Diablo, Shadowcat, Spyke et Malicia sont de jeunes adolescents dotés de pouvoirs. En parallèle des cours, ils forment l'équipe des X-Men, aidés de leurs professeurs Charles Xavier, Wolverine et Tornade. Si l'humanité ignore dans un premier temps leur existence, un événement va bouleverser leurs vies et les X-Men devront dès lors trouver leur place dans un monde qui les rejette.

Après Iron Man et Wolverine, Madhouse s'associe à Marvel pour une nouvelle adaptation d'X-Men. Cette adaptation japonaise est centrée sur le Professeur Xavier, Cyclope, Wolverine, Tornade, Le Fauve et Armor. Un an après la mort de Jean Grey, alors que l'organisation des X-Men a été dissoute, Hisako Ichiki (Armor) , une collégienne mutante vivant au nord-est du Japon est portée disparue. Le fondateur des X-Men, le Professeur Charles Xavier convoque à nouveau son équipe constituée de Cyclope, Tornade, Wolverine et Le Fauve. Malheureusement, la tâche s'avère un peu complexe car son équipe est dispersée aux quatre coins du monde... Une fois réunis, les X-Men se rendent au Japon pour tenter de retrouver Armor. Mais leur mission ne se déroule pas aussi bien que prévue. Ils tombent nez à nez avec les U-Men, un étrange groupe de mutants de très mauvaise augure...

Rejetés par la société, les mutants sont contraints de vivre dans la clandestinité. L'un d'entre eux, le professeur Charles Xavier, crée un institut pour mutants leur permettant ainsi de vivre une vie normale tout en développant leurs pouvoirs. L'idéal du Professeur Xavier se heurte à l'opposition farouche de la population et à des groupes extrémistes non dotés du facteur X, mais également à d'autres super mutants qui méprisent le dialogue et la condition humaine. Le combat pour la protection de l'humanité commence... Adaptation en série animée des célèbres comic's Books "X-men" de 1963 créé par Stan Lee et Jack Kirby