Martin Bohm, père célibataire veuf, est hanté par son incapacité à communiquer avec son fils de 11 ans, très perturbé depuis la mort de sa mère. Mais tout change le jour où il découvre que celui-ci est un petit génie, qui voit ce que personne d'autre ne remarque et qui est capable de connecter entre eux deux événements qui semblent ne rien avoir en commun...

Ryan Lopez, membre d'un gang est chargé d'infiltrer la police de San Francisco et monte peu à peu en grades, jusqu'à rejoindre les forces spéciales anti-gang. Il est alors partagé entre ses deux "familles"...

Vic Mackey est un détective en charge d'un petit groupe : la Strike Team. Lui et les membres de cette équipe luttent avec acharnement contre les gangs, le trafic de drogue, etc. Pour cela, ils n'hésitent pas à utiliser leurs poings. David Acedeva, son supérieur, connaît les méthodes de Vic et essaye par tous les moyens de l'épingler.

Disparition est une histoire multi-générationnelle qui se déroule sur cinq décennies et sur quatre générations, se concentrant sur trois familles: les Keys, les Crawford et les Clarke. Le vétéran de la Seconde Guerre mondiale, Russel Keys, est tourmenté par des cauchemars concernant son enlèvement par des extraterrestres durant la guerre; l'incident de Roswell transforme Owen Crawford de l'ambitieux capitaine de Air Force en conspirateur démoniaque du gouvernement ; Sally Clarke, mariée, mère de deux enfants et malheureuse, est mise enceinte par un extraterrestre. Alors que les décennies s'écoulent, chaque héritier de la famille est victime des machinations des extraterrestres, dont l'apogée est la naissance d'Allie Keys, produit final des expériences des extraterrestres, qui tient leurs destins entre ses mains.