Oori est un adolescent banal qui a été recueillit par un moine bouddhiste du nom de Keisei qui le considère comme son petit frère. Une nuit Oori se lève et va dans le temple de l'orphelinat et découvre une fille couverte de cicatrices. Quand il s'approche de cette fille pour savoir si elle va bien, il découvre avec stupeur qu'elle est froide et que son cœur ne bat plus. Prenant peur, il se cache et voit arriver son grand frère recouvert de blessure accompagné par d'autres bouddhistes qui réveille la fille soit disant morte...

À l'académie Myôjô, il existe une classe spéciale, la « Black Class », composée de seulement treize élèves. Tous sont des assassins excepté leur cible, Haru Ichinose. Tokaku Azuma est une élève récemment transférée qui est aussi chargée de la tuer, mais tout se complique lorsqu'elle commence à développer des sentiments pour elle.

Dix ans après la guerre, la dichotomie entre les riches et les pauvres dans le monde devient plus importante et le Japon ne fait pas exception. Les riches cherchent à satisfaire leurs désirs. Saiga, autrefois photographe de guerre, travaille pour Hibara Ginza dans l'État capitaliste de Tokyo.