Au fil des ans, le Japon a peu à peu délaissé ses traditions au profit de la modernité, provoquant ainsi l'éveil de créatures scellés depuis des années : les Aragamis.Momiji Fujimiya, héritière d'une lignée protégeant les humains des Aragamis depuis des générations, est un jour attaqué par l'une de ces créature de légende : le Yamata no Orochi. Sauvée in extremis par Mamoru Kusanagi, un être mi-humain, mi-Aragami, elle rejoint ensuite la sécurité territoriale, dirigée par Daitetsu Kunikida, un ami de sa famille.

De nombreux changements sont survenus aux Japon depuis l'ère Meiji. Les yokai sont autorisés à vivre parmi les humains pour peu qu'il possèdent une licence scellant leurs pouvoirs. L'organisation "Kidou Shinsengumi" fait régner l'ordre à Kyoto en pourchassant les yokai sans licences et en surveillant la ville.