Scrubs est une série centrée sur la vie du personnel de l'hôpital du Sacré-Cœur et particulièrement sur celle de John Dorian, alias « J.D. ». Au début de la série, J.D. est un jeune interne qui entre à l'hôpital, tout comme son meilleur ami et colocataire, l'apprenti-chirurgien Christopher Turk. Ils sont accompagnés dans leurs premiers pas par leur camarade Elliot Reid, jeune femme brillante mais névrosée au charme de laquelle J.D. n'est pas insensible, et par Carla Espinosa, infirmière au caractère bien trempé qui ne laisse pas Turk indifférent.

Charles Barker, un vétéran du FBI aux méthodes peu orthodoxes, est chargé de former son partenaire. En parallèle, il fait l'objet d'une enquête des services internes du FBI...