Nanoha Takamachi est une écolière ordinaire, mais alors qu'elle rentre de l'école avec ses deux amies une voix l'appelle à l'aide. Nanoha va sauver une belette qui se trouve être un sorcier à la recherche des Jewel Seeds. Elle décide alors d'aider ce sorcier, et va faire la rencontre de Fate Testarossa également à la recherche de ces fameuses pierres.

En tombant du haut de son école, Alice est envoyée dans un autre monde qui est régi par des sorcières. Mais à peine arrivée, elle est arrêtée pour avoir dérangé la capture d'un esprit.Durant son incarcération, Alice fait la connaissance de deux autres sorcières : Sheila et Eva. Elle apprend par la même occasion qu'elle peut utiliser la magie dans ce monde.En voulant améliorer la vie de ses deux amies, Alice ne déclenche que catastrophes sur catastrophes.Commence alors une longue quête, pour Alice et ses amies, visant à réparer les dégâts causés par la jeune sorcière.