Après que le générateur de chaos de Robotnik ait explosé, Sonic et ses amis se retrouvent dans le monde des humains. Sonic s'y fait immédiatement un nouvel ami : Christopher Thorndyke alias Chris. Sonic et ses amis (sauf Knuckles) vivront désormais chez lui. Mais c'est sans compter le Dr Robotnik qui veut à présent conquérir la Terre avec ses robots diaboliques et semer le carnage à l'aide des Emeraudes du Chaos. Qui va les retrouver en premier ? Sonic ou Robotnik ?

L'histoire se passe en l'an 2000 où les voitures (appelées Cyber Formula) sont équipées d'une IA et d'un système de navigation avancé ("Cyber System") qui rend leur conduite très simple.Suite à quelques mésaventure, Hayato Kazami, 14 ans, se voit contraint de piloter le dernier prototype construit par son père dans le championnat du monde Cyber Formula. La catégorie ultime où les concurrents à la pointe des toutes dernières technologies s'affrontent