Ian Mitchell, un avocat, époux et père de famille, trouve un matin une étrange boîte devant sa maison de Los Angeles. Dedans : un pistolet chargé, la photo d'un inconnu, et un mot lui annonçant qu'il a trois jours pour le tuer...

Au 21ème siècle, l'Homme a colonisé les océans. Afin d'y faire régner la paix et l'ordre, le sous-marin SeaQuest, dirigé par le Commandant Bridger, parcourt les immensités sous-marines.