Chaque matin, le Président des États-Unis reçoit un rapport nommé "Threat Matrix". Ce rapport contient des informations sur les menaces qui planent sur le pays. Il est rédigé par les membres de l'Agence Matrix. Cette agence est composée de membres d'origines diverses et variées dont le but premier est de surveiller et d'éradiquer toutes les menaces d'origines terroristes ou autre. L'équipe est sous les ordres de John Kilmer, un agent spécial du FBI et est composée de Frankie Ellroy-Kilmer, membre de la CIA spécialiste en interrogatoire et profiler et ex-femme de John, de Mohamed dit "Mo" un ex-agent de la CIA, d'Anne Larkin une brillante scientifique, de Tim Vargas un ancien agent de la D.E.A et de Jelani, un génie en informatique qui se fait épauler par la jeune Holly Brodeen. L'Agence Matrix dispose des dernières technologies pour mener à bien leur mission et ne doivent de comptes à personne d'autre qu'au Colonel Roger Atkins, leur agent de liaison avec la Maison Blanche.