Hana yori dango raconte l'histoire de Tsukushi Makino, seize ans, dont les parents ont tout sacrifié pour l'envoyer à Eitoku, l'école privée par excellence, dans l'espoir de récolter un beau et riche gendre.La vision de Makino n'est pas vraiment la même. Il faut dire que l'ambiance qui règne là-bas est exécrable. Les élèves sont mauvais jusqu'à l'os (de vrais gosses de riches quoi) et surtout : Quiconque s'oppose aux F4 (les quatre garçons les plus riches de l'école) finit persécuté par tous les élèves. Makino, pourtant forte de caractère, décide donc de "purger" les deux ans qui lui restent sans se faire remarquer...

Quand Iori Kitahara part pour l‘université, il décide de s’installer dans la boutique de plongée de son oncle à Izu, Grand Blue. Iori a hâte de vivre la vie d’étudiant parmi le grondement des vagues, le soleil brûlant, et sa cousine qui vit avec lui. Mais Iori tombe sur un groupe de gros bras amateurs de parties de strip pierre-papier-ciseaux, et intègre le club de plongée de la fac, Peek-a-Boo.