Rectify raconte l'histoire de Daniel Holden, qui est libéré après 19 ans de prison, grâce à de nouvelles analyses ADN le disculpant. Il n'avait que 18 ans quand il fut condamné à mort pour le viol et le meurtre d'une jeune fille de 16 ans. Il retourne vivre auprès de sa famille, dans sa ville natale, où eut lieu le drame. Beaucoup d'habitants le croient néanmoins toujours coupable. Après avoir passé sa vie d'adulte à attendre la mort, il doit désormais réapprendre à vivre.

Un véhicule volé entre en collision avec un camion de transport au milieu du désert, près de la ville fictive de Lindara. Deux adolescents aborigènes sont grièvement blessés mais personne n’appelle à l’aide parce qu’une des personnes impliquées travaille pour le responsable d’un projet de recherche secret. Alors que l’État fait tout pour étouffer l’affaire depuis Canberra, Ned Banks, jeune journaliste sur Internet et son frère Jesse Banks, hackeur en liberté surveillée, tentent d’y voir plus clair.

Le jeune Anthony Sullivan disparaît le jour de son dixième anniversaire. Pendant que les policiers et la famille mènent chacun leur propre enquête, recherchant indices et preuves, des secrets familiaux profondément enfouis refont surface.

Le détective Mike Serraton et Leo Dyole, conseiller d’orientation dans un lycée, essaient tous les deux de faire au mieux pour protéger leur famille et les gens qu’ils aiment le plus. Alors que les deux hommes tourmentés s’efforcent chaque jour de combattre leurs obsessions, le meurtre d’une adolescente qui serait victime d’un tueur en série insaisissable, les place tous les deux face à leurs propres démons.