Ryôta Satô a la surprise de sa vie lorsqu'il est soudainement transporté dans un autre monde et qu'il se fait presque démolir par la jeune et jolie aventurière Emily Brown. Ce nouveau monde fonctionne en battant des monstres et en récoltant tout ce qu'ils font tomber : nourriture, argent, objets, etc. Malheureusement pour Ryôta, il n'a aucune compétence à part entière... jusqu'à ce qu'il apprenne qu'il a la capacité d'obtenir des objets rares ! Tout à coup, sa chance tourne... ou pas ?

Après avoir atteint son pic, la population mondiale a commencé à décliner dans le futur. Afin d’assurer la pérennité de l’espèce humaine, un projet de "diversification humaine" a été lancé, piloté par une IA. Ainsi, plusieurs populations génétiquement modifiées ont été, chacune, regroupées dans des quartiers de Tokyo, des Clusters, séparés par d’imposants murs. On y trouve des êtres anthropomorphes, des hommes ordinaires, des femmes, des enfants, etc. Chaque communauté vit tranquillement dans son propre Cluster sans vraiment se soucier de ce qui se passe ailleurs. Cependant, certains rêvent de liberté et cherchent à s'échapper, trouvant de l’aide auprès d’une organisation appelée Nigashiya…