Cette série se passe dans une école catholique pour filles. Le conseil des élèves de cette école est dirigé par une sorte de club communément appelé le yamayurikai. Ce club possède une hiérarchie qui lui est propre et jouit d'une très grande notoriété auprès de toutes les élèves, ses membres sont des célébrités locales. Yumi, qui admire tout particulièrement un des membres du yamaruikai, Sachiko, se retrouve elle-même membre et ce grâce à Sachiko elle-même. Cependant elles ne se connaissent pas.La série raconte comment Yumi vit son nouveau statut dans son école et comment elle apprend à connaître la belle et mystérieuse Sachiko ainsi que les autres membres éminents du yamayurikai.

Itsuki "Ikki" Minami est un collégien plutôt baguarreur vivant chez quatre sœurs, qui l'ont recueilli alors qu'il était encore très jeune. L'une d'entre elles, Ringo, qui est dans la même classe qu'Ikki, est secrètement amoureuse de lui, mais se réfugie derrière ses soi-disant liens fraternels, pour cacher sa timidité. Ikki est attiré par les AT, non seulement à cause d'une fille dont il est tombé amoureux (Simca) qu'il vient souvent voir s'entraîner au même endroit, et de part les possibilités que ceux-ci offrent. Et c'est dans la maison des quatre sœurs, dans une pièce où il ne devait pas entrer, qu'il va découvrir des paires d'AT appartenant aux quatre sœurs, ainsi que l'emblème de leur équipe, bien que ne sachant pas ce que celui-ci représente. Il s'empare finalement d'une paire d'AT et de l'emblème et sort pour rider. Voilà comment Ikki va se découvrir des dons étonnants concernant la pratique de ce sport, celui dont on dit qu'il sera le prochain roi du ciel.

Tous les dix ans, sept magiciens s’affrontent avec leur servant dans une guerre secrète afin de posséder le Saint Graal. À l’issue de ce combat, le magicien vainqueur aura le droit de voir un souhait exaucé. Emiya Shiro est un jeune lycéen ordinaire si ce n est qu’il est l’enfant adoptif d’un magicien très puissant décédé. Emiya ne possède pas le talent de son père mais cultive un pouvoir bien spécifique, celui de pouvoir réparer les objets. Seulement, le jour où il se retrouve aux prises d’un combat opposant deux magiciens, il va réveiller le pouvoir qui sommeille en lui sous la forme d’une jeune femme à la beauté aussi dévastatrice que sa puissance : Saber. L’ordre des sept magiciens est désormais réuni, la guerre peut commencer.