Jun, un garçon replié sur lui-même, qui vit seul avec sa sœur et passe son temps à acheter des objets gothiques sur Internet, reçoit un jour une étrange malle contenant une poupée.Mais pas n'importe quelle poupée : celle-ci parle, marche (et lui donne des claques), elle s'appelle Shinku et fait partie des 7 poupées RozenMaiden.Leur but est de devenir Alice, la poupée parfaite, mais pour cela elles doivent jouer à un jeu appelé le Alice Game, qui leur permet de prendre la roza mistica (l'âme) de la poupée perdante et de devenir peu à peu Alice...

En 1969, le Japon est en pleine croissance économique, on découvre que le pays est menacé par des extra-terrestres, infiltrés parmi la population. L'AEGIS, une organisation secrète est alors chargée de lutter contre ces envahisseurs. Pour cela ils emploient des "Gate Keepers", individus possédant un pouvoir psychique permettant d'ouvrir des portails inter-dimensionnels.

L'histoire se passe dans un monde désolé recouvert de neige et d'étendues désertiques. La majorité des hommes vivent dans des villes recouvertes de grands dômes pour se protéger du climat extérieur mais la pauvreté se ressent.Voila maintenant 200 ans que les loups ont été exterminés et ceux qui se rappellent encore de leur existence n'en parlent que par des légendes qu'on leur a racontées.Pourtant ils errent encore. Ils prennent apparence humaine et trompent le regard des hommes puis se fondent parmi eux pour se protéger. Une prophétie raconte que leur réapparition signifiera la fin du monde. Sous la lune rouge, ils chercheront leur paradis (Rakuen en japonais) et seuls eux pourront y entrer, alors, c'en sera fini de l'humanité.Kiba, un loup blanc, entend un appel au fond de lui qui lui dit de trouver le Rakuen. Sur les traces de Cheza, La Fleur de Lune, il est bien vite rejoint par Hige, Toboe et Tsume, trois autres loups qui ne veulent plus vivre cachés parmi les humains. Commence alors pour la meute la quête du Rakuen et un voyage qui s'annonce plein de difficultés...Car ils ne sont pas seuls. Les Nobles bénéficiant d'une technologie avancée sont ceux qui ont créé Cheza pour chercher leur propre paradis et entendent bien ne pas laisser les loups le trouver avant eux. Parallèlement, Cher, Hubb et Quent, de simples humains suivent aussi leur piste pour leur propre intérêt...

Tous les dix ans, sept magiciens s’affrontent avec leur servant dans une guerre secrète afin de posséder le Saint Graal. À l’issue de ce combat, le magicien vainqueur aura le droit de voir un souhait exaucé. Emiya Shiro est un jeune lycéen ordinaire si ce n est qu’il est l’enfant adoptif d’un magicien très puissant décédé. Emiya ne possède pas le talent de son père mais cultive un pouvoir bien spécifique, celui de pouvoir réparer les objets. Seulement, le jour où il se retrouve aux prises d’un combat opposant deux magiciens, il va réveiller le pouvoir qui sommeille en lui sous la forme d’une jeune femme à la beauté aussi dévastatrice que sa puissance : Saber. L’ordre des sept magiciens est désormais réuni, la guerre peut commencer.