Ran est une jeune Samourai experte qui voyage à travers le monde. Elle raffole du Sake et adore faire la sieste sous un arbre (quelconque) lors des belles journées. De l'autre côté, Miao, une pratiquente du Neko-tekken (c'est un art de combat au corps à corps) fait son petit voyage elle aussi. Miao suit Ran partout sans raison. Et ça arrange bien Ran vu qu'elle est toujours fauchée, elle se sert un peu de Miao pour lui payer à manger et son Sake !!Mais dans le fond, elles s'aiment bien et vont devoir affronter toutes sortes de combats et mêmes des conflits...

A young dimension-hopping fighter pilot lands in a warring amalgamate world, the fate of which is in his hands.

Au milieu du siècle dernier, le Japon s'apprête à entrer dans l'ère Meiji, passant sans transition du Moyen Age à l'industrialisation. Les samouraïs n'ont plus leur place dans cette société moderne où les guerriers sont moins utiles que les commerçants. Sans emploi, n'ayant plus le droit de porter le sabre, confrontés aux fusils et aux canons, les samouraïs vont peu à peu disparaître pour entrer dans la légende. Kenshin est l'un de ces guerriers perdus. Grand maître de sabre il est devenu un vagabond errant sur les routes du Japon. Mais son esprit chevaleresque et son courage vont faire de cet ancien mercenaire un justicier aimé et respecté.

Ken et Ryu sont deux amis d'enfance ayant appris les arts martiaux ensemble. Des années plus tard, Ken invite Ryu pour parcourir le monde et ainsi améliorer leurs techniques de combats.

En 1969, le Japon est en pleine croissance économique, on découvre que le pays est menacé par des extra-terrestres, infiltrés parmi la population. L'AEGIS, une organisation secrète est alors chargée de lutter contre ces envahisseurs. Pour cela ils emploient des "Gate Keepers", individus possédant un pouvoir psychique permettant d'ouvrir des portails inter-dimensionnels.

Jeune lycéenne renfermée et taciturne, Lain Iwakura est confrontée au suicide inexpliqué de Chisa Yomoda, une camarade de classe. Peu de temps après, voilà que Lain reçoit un e-mail provenant de Chisa. Celle-ci lui annonce qu'elle est vivante dans le Wired, que seul son corps est mort et qu'elle a rencontré Dieu. Lain décide alors de se connecter au Wired, le net du futur... Elle va ainsi entendre parler des Knights, une bande de hackers étranges, et pénétrer dans un monde qui va engendrer de multiples questions, au détour d'événements et de rencontres glauques...