Lorsqu'un agent secret est viré, il ne reçoit pas une lettre des ressources humaines, mais une "Burn Notice". Sans en connaître la raison, l'ex-espion Michael Weston en a été victime et le gouvernement en a fait un indésirable. Aidé de son ex petite amie et de son ancien partenaire, Michael cherche à savoir pourquoi il a été mis sur la touche, pourquoi il a été ainsi éliminé. Pour parvenir à ses fins, il ne peut employer les méthodes habituelles et doit éviter à tout prix d'attirer l'attention de ses anciens collègues espions. Afin de financer son enquête personnelle, il propose ses services à ceux que le police ne peut pas, ou ne veut pas, aider...

À l'extérieur d'une prison confédérée de Virginie, la nuit tombe, une tempête se prépare et cinq individus qui n'ont rien en commun - outre le désir de s'échapper - préparent leur évasion. Le groupe est hétéroclite. Il comprend le capitaine unioniste Cyrus Smith ; Neb, un esclave afro-américain; Jane Spillet, une infirmière qui a perdu son mari; sa fille adolescente Helen ainsi que Pencroff et LeMay, deux soldats confédérés prêts à tout pour fuir le camp. Emportés au loin dans une montgolfière portée par les vents violents d'un orage, ils échouent sur une île du Pacifique qui à première vue, semble tout ce qu'il y a de plus paisible. Au cœur de cette jungle étrange, ils se retrouvent bientôt faibles, affamés et craignant pour leur survie. C'est alors qu'un étrange individu leur porte secours, le capitaine Nemo qui habite cette île afin de se livrer à d'étranges expériences...