Tyrone Johnson et Tandy Bowen, deux adolescents issus de milieux sociaux différents, découvrent suite à leur rencontre qu'ils sont tous les deux dotés de superpouvoirs qui étaient jusqu'ici dormants et qui les lient mystérieusement l'un à l'autre. Face à leurs sentiments naissants et aux nombreuses menaces du monde qui les entoure, Tyrone et Tandy ne tardent pas à comprendre qu'ils sont plus forts ensemble et ont tout intérêt à s’allier plutôt qu’à poursuivre des routes séparées.

Rectify raconte l'histoire de Daniel Holden, qui est libéré après 19 ans de prison, grâce à de nouvelles analyses ADN le disculpant. Il n'avait que 18 ans quand il fut condamné à mort pour le viol et le meurtre d'une jeune fille de 16 ans. Il retourne vivre auprès de sa famille, dans sa ville natale, où eut lieu le drame. Beaucoup d'habitants le croient néanmoins toujours coupable. Après avoir passé sa vie d'adulte à attendre la mort, il doit désormais réapprendre à vivre.