Un jeune garçon du nom de Danny Fenton, dont les parents sont tous deux des scientifiques chasseurs de fantômes, réside dans la ville d'Amity Park.Un jour, il découvre une sorte de porte gigantesque dans le laboratoire de ses parents. Il s'agit du « Portail Fenton », qui ouvre un passage direct vers la dimension des fantômes. Il décide d'essayer la machine avant le retour de ses parents, mais l'énergie ectoplasmique déployée accidentellement par le Portail Fenton lui confère des pouvoirs surnaturels propres aux fantômes : une force, une vitesse et une résistance surhumaine, ainsi que les pouvoirs de voler, devenir invisible et traverser les murs. Au fur et à mesure de la série, il développe d'autres pouvoirs. Mais parfois, ses pouvoirs diminuent.

Deux amies inséparables qui rêvent de devenir maiko emménagent ensemble à Kyoto, mais se laissent finalement guider par des passions très différentes.