À l’aube de la Seconde Guerre mondiale, pendant l’automne 1937, le lieutenant-colonel Yûki de l’armée impériale met en place dans le plus grand secret l’Agence D, un organisme formant des espions. Contrairement aux jeunes hommes qui intègrent l’armée dans un esprit nationaliste, les personnes recrutées sont des universitaires diplômés qui passent les difficiles tests de sélection avec brio. Ils sont formés à manier les explosifs, les communications sans fil, à conduire des véhicules ou des avions, et surtout à recueillir de précieuses informations.

Pendant ses vacances chez sa grand-mère, près de la mer intérieure du Japon, Nagasumi se fait emporter par les flots et ne doit son salut qu'à une sirène qui vient le sortir de ce mauvais pas. En retour, celle-ci lui demande de se fiancer avec elle. La rencontre entre les familles des deux jeunes gens risque d'être explosive, puisque les parents de la jeune San sont les chefs d'une famille de yakuzas !

L’histoire se déroule à Asakusa. Kazuki Yasaka, Toi Kuji et Enta Jinnai, tous trois en 5e, font un beau jour la rencontre de Keppi, un être mystérieux à l’apparence de kappa. Ce dernier leur subtilise leur shirikodama, une boule mystique logée dans l’anus, et ils se transforment en kappa eux-mêmes. Keppi leur déclare que pour retrouver leur apparence initiale, ils devront lui rapporter le shirikodama d’un zombie. Y parviendront-ils ? Au même moment, au poste de police où travaillent Reo Niiboshi et Mabu Akutsu, quelque chose est sur le point de se produire...

Un matin, alors qu’elle se rend au lycée, Naho reçoit une drôle de lettre… une lettre du futur ! La jeune femme qu’elle est devenue dix ans plus tard, rongée par de nombreux remords, souhaite aider celle qu’elle était autrefois à ne pas faire les mêmes erreurs qu’elle. Aussi, elle a décrit, dans un long courrier, les évènements qui vont se dérouler dans la vie de Naho lors des prochains mois, lui indiquant même comment elle doit se comporter. Mais Naho a bien du mal à y croire, à cette histoire…