Basé sur le jeu Blue Reflection de GUST.L'histoire se déroule au milieu de l'été, dans le lycée pour fille Hoshinomiya. Hinako Shirai vient d'être transférée dans cet établissement après s'être blessée à la cheville, l'empêchant ainsi de poursuivre son rêve de danseuse classique.Un jour, durant l'une de ces ennuyantes journées d'école, Hinako fait la rencontre de Yuzuki et Raimu, deux personnes détenant des pouvoirs magiques. A l'issue de cette rencontre, Hinako acquiert un mystérieux pouvoir : celui de se transformer en magical girl, plus connu sous le nom de "Reflector". Les Reflector sont des valkyries de la lumière pouvant voyager entre le monde réel et le monde alternatif où vivent des êtres se nourrissant des émotions négatives des humains.

Dans un lointain passé, les souverains détenant les Saints sceaux (« Crest ») avaient pour mission d’apporter la paix au sein de leur peuple. Mais leur soif de pouvoir les poussa à se livrer bataille les uns contre les autres. Siluca, une magicienne solitaire, éprouve depuis toujours une haine farouche contre ces seigneurs sans foi ni loi. Elle fait, un jour, la rencontre d’un jeune chevalier vagabond, Theo, lancé dans un voyage initiatique afin de revenir délivrer son pays natal de la tyrannie. Les deux jeunes gens décident alors de sceller un pacte pour atteindre ensemble leurs idéaux. Maître et servant échangent ainsi un serment qui pourrait apporter le vent de la réforme sur le continent d’Atlatan. Ainsi commencent les chroniques des guerre fantaisistes de Grancrest !

Pour répondre aux attaques de drones autonomes envoyés par l’Empire voisin de Giad, la République de San Magnolia a développé ses propres drones de combat surnommés les “Juggernaut", espérant ainsi limiter les pertes humaines. En réalité, ces appareils sont pilotés par les 86, les habitants d’un district secret considérés comme du bétail. Déterminé dans sa mission, Shin, le capitaine de l'escadron Spearhead composé de plusieurs 86, poursuit ces opérations suicidaires. C’est alors qu’arrive un nouvel officier et soldat de l’élite militaire, Lena, qui déteste la façon dont la République utilise les 86. Ils n’auraient jamais dû se croiser, mais face aux événements de cette guerre féroce, ils vont entrevoir ensemble un nouvel avenir…

La « Magie » que nous connaissons n'est issue ni des légendes, ni des contes de fées. Elle est devenue une réelle technologie depuis près d'un siècle. Plusieurs pays de ce monde s'opposent dans une course à la formation de « Magiciens ». Tatsuya Shiba est un étudiant sans capacités magiques inscrit au Premier Lycée de Magie ; il y étudie avec sa sœur Miyuki, qui se trouve être la meilleure élève parmi les première années.