Accusé d'un crime d'entreprise, un adulte, Ted Templeton redevient le Boss Baby pour vivre sous couverture avec son frère, Tim, se faisant passer pour l'un de ses enfants.

Un paisible batelier, autrefois connu sous le nom de "samouraï noir", doit retourner au combat lorsqu'il prend sous son aile une petite fille aux pouvoirs mystérieux.