En l'an 20XX, le monde est enthousiasmé par un tournois mondial nommée Zenon. Les humains nommés Concodes font équipe avec des intelligences artificielles ultra-haute de gamme (Codeman AI) pour s'affronter à l'aide du jeu de carte Zenonzard.Un jour, un lycéen ordinaire nommé Azuma Souta est défié par une mystérieuse femme du nom d'Eilietta Lash. Cette personne est en réalité une Codeman AI et désire faire équipe avec Souta pour se battre lors de ce fameux tournois.Leurs premiers adversaires s'avèrent être Saionji Shion, une joueuse très populaire ayant été dans la même école que Souta, et son partenaire nommé Ash Claude.

Une nuit, une colonne de lumière s'élève vers le ciel, et le monde commence à changer. Des lycéens disparaissent, d'autres se découvrent des pouvoirs paranormaux effrayants. Des êtres de nature surnaturelle se multiplient dans les rues de la ville, la nuit, tout comme les phénomènes inexpliqués… Les rumeurs parlent d'un être en particulier nommé Boogiepop. On dit que c'est le dieu de la mort et qu'il entraîne ceux qu'il croise dans les ténèbres…