Au Japon, dans un futur proche, les gens aux pouvoirs psychiques, dit « Esper » ont réussi à cohabiter avec la population « normale ». Cependant certains utilisent leur pouvoir de façon criminelle. Le gouvernement a donc mis en place une cellule spéciale pour combattre cette forme de criminalité. Cette cellule est composée de trois jeune filles, de niveau 7, au caractère très particulier et qui n'en font qu'à leur tête. Elles sont sous les ordres de leur chef, Minamoto, qui a du mal à se faire entendre.

Le nombre de personnes dotées de pouvoirs extrasensoriels appelées, Esper, est en augmentation. Ils se retrouvent à tous les postes : militaire, diplomatie, politique ; et dans tous les pays. Un pays qui contrôle les Espers est un pays qui peut contrôler le monde. Nous suivons Kyōsuke Hyōbu, ancien Esper des Forces d’autodéfense du Japon. Il a été emprisonné pendant 10 ans après son coup d’état pour dominer le monde. Mais durant la Seconde Guerre Mondiale, il arrive à s’échapper et reconstitue le groupe terroriste PANDORA pour venger la mort de ses camarades. En plus de pouvoir contrôler l’esprit des gens, Kyōsuke Hyōbu possède un pouvoir unique : Il ne vieillit pas…