Quand un père et sa fille découvrent qu’ils travaillent secrètement au sein de la CIA depuis des années, ils réalisent que leur relation entière est un mensonge et qu’ils ne se connaissent pas du tout. Contraint de faire équipe, ce duo improbable est embarqué dans de dangereuses missions sur la scène de l'espionnage international.

Kung Lao a triomphé dans le tournoi de Mortal Kombat, battant Shang Tsung et sauvant la terre. Il doit maintenant entraîner une nouvelle génération de combattants pour le prochain tournoi. Shang Tsung, depuis son exil, s'attache à saboter les efforts de Lao avec l'aide de combattants surnaturels comme le Scorpion et Sub-Zero.