Kung Lao a triomphé dans le tournoi de Mortal Kombat, battant Shang Tsung et sauvant la terre. Il doit maintenant entraîner une nouvelle génération de combattants pour le prochain tournoi. Shang Tsung, depuis son exil, s'attache à saboter les efforts de Lao avec l'aide de combattants surnaturels comme le Scorpion et Sub-Zero.

Dans un futur proche, où le terrorisme fait rage et où la situation économique et sociale est guère rejouissante, le gouvernement garde le secret sur l'existence des Neuros, des humains dont les gènes ont été modifiés, leur conférant des supers pouvoirs. Craignant les dérives d'individus capables de télékinésie ou télépathie, une organisation secrète est créée pour traquer ces spécimens. Jane Vasko intègre cette unité chargée de localiser et neutraliser les Neuros. La jeune femme ne tarde cependant pas à découvrir qu'elle est elle-même dotée d'une incroyable faculté à s'auto-régénérer, lui permettant de guérir rapidement à des blessures.