Dans un futur proche, où le terrorisme fait rage et où la situation économique et sociale est guère rejouissante, le gouvernement garde le secret sur l'existence des Neuros, des humains dont les gènes ont été modifiés, leur conférant des supers pouvoirs. Craignant les dérives d'individus capables de télékinésie ou télépathie, une organisation secrète est créée pour traquer ces spécimens. Jane Vasko intègre cette unité chargée de localiser et neutraliser les Neuros. La jeune femme ne tarde cependant pas à découvrir qu'elle est elle-même dotée d'une incroyable faculté à s'auto-régénérer, lui permettant de guérir rapidement à des blessures.

Le secret du neuvième chevron est dévoilé et une équipe est envoyée pour explorer l'autre côté de cet horizon : un gigantesque vaisseau appelé le Destiny. Créée par les "Anciens" des millions d'années plus tôt, cette expérience sous forme de navire ne peut être contrôlée. Le Destiny doit exécuter sa mission originelle : traverser l'univers et rencontrer de nouvelles formes de vie.