En l'an 1600 au Japon, le seigneur Yoshii Toranaga lutte pour sa survie alors que ses ennemis du Conseil des régents se liguent contre lui, lorsqu'un mystérieux navire européen est retrouvé échoué dans un village de pêcheurs voisin.

Hotori Arashiyama est une fille maladroite adorant les mystères et sachant s'attirer des ennuis. Elle travaille à temps partiel dans un café-maid situé dans un quartier commerçant. Néanmoins, mis à part Sanada, admirateur secret et camarade de classe d'Arashiyama, le café a du mal à attirer les clients . Un jour, Tatsuno, une amie d’Arashiyama, est invitée au café et décide d’y travailler au vu de la situation déplorable, mais aussi à cause des sentiments qu’elle éprouve pour Sanada.

Après avoir passé un an dans l'espace, où elle a vécu une expérience intense, l'astronaute Molly Watts tente de reprendre une vie normale auprès de sa famille composée de son mari, John, un scientifique surdoué, et Ethan, leur fils, un petit garçon pas comme les autres. En effet, celui-ci n'est pas le fruit naturel de leur union, vu que Molly est stérile : il a été conçu par son père comme le premier prototype d'une future lignée de "Humanichs", des "robots humains". Mais le retour de Molly va justement avoir des conséquences dramatiques sur la planète entière et sur le destin de l'humanité...

Une équipe de scientifiques enquête sur une redoutable maladie dans un centre de recherche en Arctique. La survie de l'humanité est entre leurs mains...