Cette série raconte les aventures de trois amies adolescentes : Alex, Clover et Sam. Étudiantes dans la vie de tous les jours, elles sont en réalité agents secrets ; c'est-à-dire des espionnes professionnelles qui travaillent pour le WOOHP, une organisation secrète de protection de l'humanité. Lorsque leur patron Jerry a besoin de leurs services, il les envoie en mission, après leur avoir fait revêtir des combinaisons intégrales moulantes en latex coloré (jaune pour Alex, rouge pour Clover et verte pour Sam) et fourni des gadgets, qui les aideront à mener à bien leurs enquêtes.

A large group of survivors seek shelter while travelling on a train after their station was attacked by aggressive, undead creatures called Kabane.

En raison de son regard menaçant hérité de son père, Ryûji Takasu est un adolescent craint par les autres élèves de son lycée, car considéré comme un délinquant. Cette image étant à l’opposé de ce qu’il est réellement, ce dernier aimerait s’en séparer définitivement afin de ne plus souffrir des conséquences qui en découlent. Ryûji ne perd pas espoir d’y arriver grâce notamment à son ami Yûsaku Kitamuraqui, en plus d’avoir vu clair dans cette mésentente, lui a permis de rencontrer Minori Kushieda, dont il est tombé amoureux. Alors qu’il pense à elle, il bouscule par mégarde Taiga Aisaka, une élève de sa classe et amie de Minori, dont le mauvais caractère n’a d’égal que sa force. À la suite d’un concours de circonstances, Ryûji apprendra que Taiga est sa nouvelle voisine et que cette dernière est amoureuse de Yûsaku. Se développe alors entre les deux une relation ambiguë dans le but de se rapprocher des personnes respectives aimées.

Dans un futur lointain, l'Alliance Galactique Humaine continue de lutter pour sa survie contre une espèce extraterrestre appelés "Hidiaazu." Au cours d'une bataille intense, le jeune Redo est englouti avec son armure mobile Chamber dans une distorsion temporelle. Réveiller de son hibernation artificiellement provoquée, celui-ci se rend compte qu'il est arrivé sur la Terre, berceau de l'humanité censé ne plus être habitable depuis des milliers d'années. Pourtant, sur cette planète qui a été complètement submergé par les eaux, des gens vivent dans des flottes géantes en récupérant des reliques provenant des profondeurs des mers afin de survivre. Remorqué sur une des flottes appelée Gargantia, il fait la connaissance d' Amy, une jeune fille de 15 ans qui sert de messager tout en lui apprenant les coutumes de sa région.

Leurs amis animaux ont besoin d'aide ? Toby et sa sœur Teri sont là pour élucider les mystères du voisinage à partir d'indices et de faits.