En 2013, à la suite de la dernière grande guerre, la majeure partie de la surface habitable disparut et, de ce fait, les armements militaires furent interdits. Ce fut le traité de Babylone qui organisa une seule entité indépendante pour gouverner les six régions restantes. Shion habite dans une de ces régions très contrôlées et hiérarchisées, appelée No. 6. Il fait partie de la future élite de la ville et suit un enseignement spécial depuis l'âge de deux ans. Une nuit, il sauve un garçon surnommé le Rat (Nezumi), qui a échappé à la police de sécurité. À partir de ce moment-là, la vie de Shion prend un tournant radical et ne sera plus jamais la même.

Cet anime se révèle l'adaptation du Light-Novel portant le même nom. Fujishima Narumi est un lycéen que l'on pourrait qualifier de normal. Cependant, un jour, il finit par devenir l'assistant du détective Alice, une adolescente NEET qui reste constamment en pyjama dans sa chambre. À cet endroit, la jeune fille se sert toujours de son grand réseau d'amis virtuels et Internet afin de résoudre des cas. Alice, avec l'aide de Narumi, sera-t-elle capable de trouver toutes les clés des énigmes ?

L'héroïne de l'histoire, Yukimura Chizuru est la fille d'un docteur qui travaille à Edo. Un jour, le père part d'Edo, sans sa fille, afin de travailler en tant que médecin volontaire à Kyoto. Plus le temps passe et plus Chizuru s'inquiète de perdre contact avec son père, elle décide donc de partir à Kyoto à sa recherche. Sur le chemin, Chizuru est attaquée par un groupe de criminels et est témoin d'un combat entre un Oni et le Shinsengumi. Après l'avoir sauvée, le Shinsengumi se demande ce qu'il doit faire de Chizuru, quand il découvre qu'il s'agit de la fille du docteur qu'il recherche aussi. Il décide donc de devenir le protecteur de Chizuru et de l'aider à retrouver son père. De nombreux évènements surviendront durant le voyage de Chizuru avec le Shinsengumi au cours duquel ils découvriront de mystérieux secrets et combattront le groupe Bakumatsu.

Dans un avenir proche, lors de recherches sur un site babylonien, Delphius, un scientifique va commettre un acte terroriste en déclenchant un pouvoir inconnu jusqu'alors. Ce qu'on appellera "Twin X" provoqua un orage magnétique couvrant la planète d'un ciel opaque, bloquant ainsi toute source d'électricité.Quelques années plus tard, les deux enfants du scientifique, Kiyoko et Tatsuya, vont se retrouver convoiter par deux groupes dont l'enjeu est l'avenir du monde, la Comptesse de Werdenberg et ses ados aux pouvoirs télékinésiques et le mystérieux Gilgamesh.