Yoshiharu Sagara est un lycéen qui aime jouer au jeu vidéo Nobunaga's Ambition. Il se retrouve tout à coup en pleine bataille durant l'époque Sengoku et sauve la vie d'une jeune fille. Celle-ci s'avère être Nobuna Oda. À la plus grande surprise de Sagara, Nobunaga Oda serait donc une femme et s'appellerait Nobuna. L'histoire qu'il a apprise diffère encore avec la mort de Toyotomi Hideyoshi, l'un des trois unificateurs du Japon. Sagara, désormais sous le service de Nobuna Oda, va alors prendre sa place…

L'héroïne de l'histoire, Yukimura Chizuru est la fille d'un docteur qui travaille à Edo. Un jour, le père part d'Edo, sans sa fille, afin de travailler en tant que médecin volontaire à Kyoto. Plus le temps passe et plus Chizuru s'inquiète de perdre contact avec son père, elle décide donc de partir à Kyoto à sa recherche. Sur le chemin, Chizuru est attaquée par un groupe de criminels et est témoin d'un combat entre un Oni et le Shinsengumi. Après l'avoir sauvée, le Shinsengumi se demande ce qu'il doit faire de Chizuru, quand il découvre qu'il s'agit de la fille du docteur qu'il recherche aussi. Il décide donc de devenir le protecteur de Chizuru et de l'aider à retrouver son père. De nombreux évènements surviendront durant le voyage de Chizuru avec le Shinsengumi au cours duquel ils découvriront de mystérieux secrets et combattront le groupe Bakumatsu.

Lors d'une nuit tragique, pratiquement tous les habitants du village d'Ootsuka décèdent de la peste. Mystérieusement, seuls trois personnes survivent : une jeune fille et deux garçons. Depuis, ils vivent cachés dans une église éloignée de tout, car depuis cet incident, Shino, l'un des survivants, possède le pouvoir de contrôler Murasame, la légendaire épée démoniaque. Cinq ans plus tard, alors que d'étranges phénomènes commencent à apparaitre dans les villages voisins, leur vie tranquille est bouleversée par l'arrivée de l'Église impériale, bien déterminée à récupérer Murasame.

L'histoire se déroule au Japon mille ans après notre ère. Cinq enfants, Saki, Satoru, Maria, Mamoru, et Shun sont nés et ont grandi dans une petite ville tranquille qui peut-être décrite comme une utopie.Le monde est gouverné par des gens qui ont la puissance des dieux.Après un certain incident, Saki et les autres réalisent la vraie nature de leur monde.Les cinq enfants se lancent dans une aventure dangereuse pour protéger leurs amis et tout un monde qui est sur le point de s'effondrer.