Kobato est une petite fille très maladroite et très attachante, qui vient sur terre dans le but de soigner les cœurs blessés. Plus elle soignera de cœurs, plus la petite bouteille qu'elle possède se remplira. Elle est toujours accompagnée d'un chien bleu, Ioryogi-san, qui prend souvent un aspect effrayant et qui, à l'instar de Keroberos dans "Sakura", cherche à se faire passer pour une peluche aux yeux des autres.

C'est l'année de la destinée et Kamui Shirō, un puissant psychicien de 15 ans, est retourné à Toyko après une absence de 6 ans. Il retourne pour protéger ses amis d'enfance, mais le destin s'empare de lui et de ses proches. C'est sa destinée de décider du sort du monde et de l'humanité, peu importe s'il veut ou non le rôle.