En apparence, Saya Kisaragi est une jeune lycéenne tout à fait normale. Toujours présente pour aider son prochain et un peu tête en l'air, elle vit avec son père, Tadayoshi, prêtre shintoïste. Saya s'est vu confier par son père la mission d'éliminer les « Anciens ». Armée de son épée sacrée, elle traque ces monstres dévoreurs d'humains dont les apparitions sont de plus en plus fréquentes. De plus, la jeune fille commence à être sujette à de terribles maux de tête lui laissant voir des visions qu'elle ne comprend pas… Pourquoi les Anciens en ont après elle ? et quelle est la signification de ses visions ?

Kobato est une petite fille très maladroite et très attachante, qui vient sur terre dans le but de soigner les cœurs blessés. Plus elle soignera de cœurs, plus la petite bouteille qu'elle possède se remplira. Elle est toujours accompagnée d'un chien bleu, Ioryogi-san, qui prend souvent un aspect effrayant et qui, à l'instar de Keroberos dans "Sakura", cherche à se faire passer pour une peluche aux yeux des autres.

C'est l'année de la destinée et Kamui Shirō, un puissant psychicien de 15 ans, est retourné à Toyko après une absence de 6 ans. Il retourne pour protéger ses amis d'enfance, mais le destin s'empare de lui et de ses proches. C'est sa destinée de décider du sort du monde et de l'humanité, peu importe s'il veut ou non le rôle.