Inazuma Eleven: Ares no Tenbin prend place après les événements du premier jeu et se centre sur les trois protagonistes : Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori et Yuuma Nosaka. Cette version alternative se situe après l'Another Episode 27, qui est une version alternative du 27ème épisode de l'anime Inazuma Eleven où les extraterrestres n'ont pas envahi la Terre.L'histoire démarre sur une île où un groupe de garçons passent leurs journées à jouer au football. Un jour, leur club est soudainement fermé et la seul façon de pouvoir le récupérer est de gagner le fameux tournoi du "Football Frontier". Asuto Inamori décide ainsi de quitter son île pour pouvoir rentrer dans le Collège Raimon à Tokyo.Cependant, son premier match est contre le numéro 1 : Seishou Gakuen.

C'est l'histoire de deux filles, Himeko Kurusugawa et Chikane Himemiya, qui vivent comme de banales lycéennes jusqu'au jour où elles apprennent qu'elles sont en fait les réincarnations des prêtresses du soleil et de la lune. Une force démoniaque, appelée les "Orochi", va tout mettre en oeuvre pour détruire les deux jeunes filles, censées sauver le monde de cette malédiction. Et Ogami Soma, camarade de classe de Chikane, et Orochi malgré lui, fera cependant tout ce qui est en son pouvoir pour les aider. Mais ce n'est pas aussi simple...

Enfant, le jeune Shiki a subi un grave accident. Depuis, il est doté d'un don aussi mystérieux qu'effrayant : il est capable de discerner les lignes de la mort. Pour contrôler ce redoutable pouvoir, une mystérieuse inconnue lui donne des lunettes qui lui permettent de vivre normalement. Mais ce calme relatif éclate lorsque Shiki, pris de pulsions sanguinaires, utilise les lignes pour découper une jeune inconnue. Au même moment, une série d'étranges évènements survient : des vampires modernes roderaient en ville...

Dans un village au fin fond de la jungle, Weda et Haré vivent heureux, bien qu'Haré doive faire tous les travaux ménagers à la place de sa mère. Mais un soir alors que Weda rentre d'une soirée bien arrosée, elle ramène avec elle une petite fille qui n'a pas de famille: Guu, et déclare qu'elle vivra désormais sous leur toit. Guu est très mignonne et très gentille, et Haré l'accueille avec joie. Mais le lendemain matin, Guu a changé, aussi bien de visage que d'humeur et de comportement. Mais seul Hare semble s'en être aperçu. Il en suit que Guu a bien d'autres pouvoirs, certains terrifiants, et que Hare doit à chaque fois s'accommoder des caprices de Guu et tenter de survivre seul aux épreuves qu'elle lui inflige, au milieu d'un village majoritairement insouciant.

Takaya Ohgi est un étudiant tout ce qu'il y a de plus normal, qui ne souhaite qu'une chose : vivre une vie des plus paisibles. Mais lorsque Nobutsuna Naoe entre dans sa vie, celui-ci informe Takaya qu'il est en réalité la réincarnation du Roi Kagetora. Naoe, lui-même un "possédé", doit réveiller les capacités de Takaya à combattre les esprits du mal. Bien qu'un grand nombre de ces "possédés" parviennent à se rappeler leur vie passée, Takaya s'y refuse. Néanmoins, ses forces se développent, et les souvenirs d'une relation passionnée et ambiguë entre Naoe et le Roi Kagetora, refont surface. La lutte entre le clan Hojo et le clan Fuma, qui avait débutée durant la période féodale, trouve enfin son issue dans le temps présent.

Saotome Kazuya est menacé par un virus informatique. Pour tenter d'arrêter le virus, il passe une commande spéciale. May est une cyberpoupée qui arrive à sa porte quelques minutes plus tard et elle fait 1/6e de la taille d'une personne normale.

Sur une petite île japonaise isolée de tout, la vie semble s'écouler tranquillement jusqu'au jour où une entité gigantesque inconnue fait son apparition non loin de là et commence à attaquer l'île. Seuls les enfants ne comprennent pas ce qui se passe et sont rapidement évacués dans des abris souterrains. Les adultes quant à eux, savent comment réagir. En quelques instants, des champs de force sont activés autour de l'île et un véritable arsenal de guerre caché au milieu de la ville est déployé afin de faire face à cette entité qu'ils nomment Festum.

L'histoire débute dans un petit village du nom de Talta, où vivent Shu et ses deux amis, Jiro et Kluke. Chaque année, un requin terrestre attaque le village de nos héros, les habitants n'ont alors d'autre choix que de se réfugier sur les hauteurs et de regarder, impuissants, le monstre ravager toutes les habitations. Mais cette année, les trois enfants sont décidés à en finir avec cette créature, qui par le passé, provoqua la mort des parents de Kluke et Shu. Malheureusement, le plan qu'ils avaient préparé tourne mal. Ils se retrouvent embarqués dans une forteresse volante qui se révélera être celle de Nene, un personnage puissant qui, aux côtés d'une ancienne civilisation gardienne d'un pouvoir puissant que l'on croyait disparu, menace le sort du monde et de ses habitants.

Un jour de pluie, Matsuo Fuguno se fait bousculer par un passant trop pressé. Ses affaires s'étalent dans la rue dans l'indifférence générale. Ramassant ses feuillets détrempés une jeune femme lui vient en aide... Et c'est le coup de foudre ! Mais pour ce puceau gaffeur à la timidité maladive, il va être bien difficile de conquérir le cœur de la belle Nagisa-sensei, d'autant plus que la demoiselle est toujours vierge et qu'elle est du genre plutôt farouche...

L'histoire se déroule dans un futur incertain. Les hommes ont perdu l'accès aux nouvelles technologies et se sont regroupés dans des cités-nations gérées par des êtres mystérieux, les Célestes. Daisuke travaille dans l'une de ces cités, Judoh, dans une section de prévention du crime avec son compagnon J, le seul robot autorisé par l'État. La mort du Don de la famille Leonelli, le clan mafieux le plus influent de la ville, va donner du fil à retordre à Daisuke et à J car Claire Leonelli, alias Vampire, va succéder à son père et est bien décidé à faire bouger les choses. Mais de fil en aiguille, les mystères de la ville de Judoh vont peu à peu refaire surface.

Noda Megumi (dite Nodame) est une étudiante en piano de la prestigieuse école de musique Momogaoka. Plutôt négligée, désordonnée et extravagante, elle est autodidacte dans sa pratique pianistique. Sa mémoire auditive exceptionnelle lui permet de retranscrire sur le clavier des œuvres musicales qu’elle n’a entendu qu’une seule fois. Elle ignore les partitions, ce qui mène à des interprétations peu fidèles, compensées cependant par une technique et un toucher excellents.Un soir, elle trouve son voisin de palier endormi et ivre devant sa porte. Elle décide de l’héberger. Il s’agit de Shin’ichi Chiaki, pianiste et violoniste talentueux, perfectionniste et un brin hautain. À son réveil, le garçon s’enfuit effrayé et surpris. Ils se retrouvent dans la même leçon particulière de piano, et exécutent un duo brillant. Nodame tombe amoureuse de Shin’ichi, sans réciprocité, ce dont elle se contente…

L'histoire tourne autour de Pacifica Casull, jeune fille de 15 ans née au sein de la famille royale du royaume de Leinwan puis abandonnée. En effet, la 5111e prophétie de Grendel prédit qu'elle est le poison qui détruira le monde le jour de son 16e anniversaire. En conséquence, elle fut jetée d'une falaise encore bébé. Malgré tout, elle survécu à sa chute et son destin lui valu son surnom de "Scrapped Princess".Pacifica fut secourue par un mage de la cour et adopté par la modeste famille Casull. Ses frères et sœurs adoptifs - Shannon l'épéiste solitaire et Raquel la magicienne maternelle - deviennent ses protecteurs. Tout deux sont extrêmement puissants, et plus souvent que le contraire, brisent aisément les difficultés que le groupe rencontre.

Ippo est un jeune lycéen de 16 ans qui n'a pas d'amis car il occupe tous son temps libre à aider sa mère pour tenir son affaire de pêche. Mais il ne sait pas encore qu'un prestigieux destin l'attend ; alors qu'il se faisait martyriser par la bande d'Amezawa, Takamura (un grand boxeur japonais) vient lui porter secours. Les voyous hors d'état de nuire Takamura emmène le jeune lycéen dans son club de boxe. Ippo remis sur pied, Takamura lui proposera de se défouler sur un sac du club avec un dessin de Furyô dessus. Là se révélera une grande force et Ippo se découvrira une passion pour la boxe. Après avoir visionné une cassette et passé le test de Takamura avec brio, il entrera dans le club de boxe de Kamogawa. À la surprise générale il tiendra tête à l'un des génies du club de boxe ce qui va attirer l'attention de l’entraîneur du club.

Vu que la Terre est devenue surpeuplée, un projet ambitieux a été élaboré pour rendre habitable la planète Mars. Une espèce de cafard pouvant résister à cette atmosphère hostile a été envoyée pour absorber la lumière du soleil, mais l’insecte a muté sous une forme humanoïde aussi intelligente qu’agressive. Près de 500 ans plus tard, une mission est envoyée sur Mars pour reprendre le contrôle de la situation.

Un ado découvre qu'il est un Ajin et s'enfuit avant que les autorités ne le soumettent à des expériences. Les autres Ajin voulant se rebeller, il doit choisir son camp.

Sōichiro et Bob sont deux bagarreurs, habitués à faire régner leur loi par les poings dans les établissements scolaires qu'ils fréquentent. Mais l'école dans laquelle ils sont transférés est spéciale : la Tōdō Academy est un conservatoire des arts martiaux, où chaque élève doit en pratiquer un. Après quelques troubles, ils sont contrés par Maya, sa sœur Aya et Masataka, du Jyūkenbu club. Ils se rendent alors compte qu'un puissant groupe, les Exécuteurs (Enforcer), règne sur le campus et qu'ils auront besoin du soutien du club pour devenir assez forts.

Adolescent de quinze ans, Ichigo Kurosaki possède un don particulier : celui de voir les esprits. Un jour, il croise la route d'une belle Shinigami (un être spirituel) en train de pourchasser une "âme perdue", un esprit maléfique qui hante notre monde et n'arrive pas à trouver le repos. Mise en difficulté par son ennemi, la jeune fille décide alors de prêter une partie de ses pouvoirs à Ichigo, mais ce dernier hérite finalement de toute la puissance du Shinigami. Contraint d'assumer son nouveau statut, Ichigo va devoir gérer ses deux vies : celle de lycéen ordinaire, et celle de chasseur de démons...

C'est l'année de la destinée et Kamui Shirō, un puissant psychicien de 15 ans, est retourné à Toyko après une absence de 6 ans. Il retourne pour protéger ses amis d'enfance, mais le destin s'empare de lui et de ses proches. C'est sa destinée de décider du sort du monde et de l'humanité, peu importe s'il veut ou non le rôle.

Naruto Uzumaki est un jeune garçon de 12 ans du village caché de Konoha dans le pays du Feu. Il est rejeté par tous les habitants du village car il porte en lui le démon Renard à neuf queues Kyuubi, scellé en lui à sa naissance par le 4 ème Hokage de Konoha. Son rêve est de devenir à son tour Hokage et être le plus fort d'entre eux pour prouver aux habitants du village sa valeur. Finalement Naruto va trouver en Iruka, son sensei, un père qui va le protéger de la solitude grâce à cette aide il va franchir de nombreuse étapes. Sasuke Uchiha et Sakura Haruno sont ses deux camarades d'équipes ninja. Sasuke dernier descendant du clan le plus réputé de Konoha méprise Naruto et ce dernier n'a qu'une envie: le dépasser (et sortir avec la jolie Sakura... ). En progressant et au fil de la série, Naruto va rencontrer des adversaires de plus en plus fort qui vont lui permettre de progresser sur la route de son but final : devenir Hokage du Village de Konoha

Quand Aiko apprend que son existence est fondée sur un terrible mensonge, elle fait équipe avec des Divers pour anéantir le Burst, et peut-être sauver sa famille.

Devenu l'hôte d'une épée légendaire démoniaque, un jeune homme déchaîne des pouvoirs maléfiques contre ses ennemis alors que le sort de l'humanité est entre ses mains.

Des factions s’affrontant à l’aide de pouvoirs psychiques ont consolidé leur emprise sur les hautes sphères du Japon. Au nombre de sept, ces clans sont chacun guidés par un leader charismatique et ultra puissant baptisé « Roi ». Longtemps déchiré par ces guerres claniques, le Japon connaît à présent une période de calme. C’est dans cette paix de façade qu’un membre de la HOMRA, le clan rouge, est sauvagement assassiné. La vidéo de sécurité prise sur les lieux du crime accuse Yashiro Isana, un étudiant lambda qui ne semble appartenir à aucun gang. Mikoto Suô, le redoutable Roi rouge, décide de lancer ses hommes à la poursuite du jeune étudiant. Mais Reishi Munakata, le Roi bleu à la tête du « Sceptre 4 », ne compte pas laisser la HOMRA se faire justice en toute impunité… Mais qui est donc Yashiro Isana, l’homme sur le point de faire voler la paix en éclats ?