Il y a 22 ans, un mystérieux phénomène sismique frappa violemment le district de Yokohama, le séparant définitivement du reste du Japon. C'est alors que l'on s'aperçut que le séisme avait eu des répercussions inattendues. Dans ce monde perdu, une partie des nouveaux nés commencèrent à développer des pouvoirs extraordinaires propres à leurs possesseurs. Yokohama devint une région chaotique à cause de ces humains mutés, connus sous le nom d'Alters. Une force de police spéciale, la HOLD, est chargée de contrôler tous les utilisateurs d'Alter de la Terre Perdue. En son sein, l'unité spéciale HOLY, composée d'utilisateurs d'Alter également, traque sans relâche les renégats ...

Nous sommes en 972 après J.-C. à Kyoto, la capitale de l'ancien Japon. Kyoto devient une ville corrompue et délabrée ; les samouraïs égoïstes et les onmyoji, qui ne se soucient que d'accéder au pouvoir politique, sont partout. Pour aggraver les choses, la ville souffre de famine et de maladies généralisées. Incapable d'ignorer plus longtemps l'état de la ville, la cour impériale décide d'envoyer Minamoto no Raiko, un célèbre samouraï bien connu pour ses talents de tir à l'arc, pour récupérer un joyau légendaire censé détenir le pouvoir mystérieux de sauver le monde. Cependant, Raiko tombe également malade. Au lieu de cela, sa plus jeune sœur, Hikaru, décide secrètement de faire le voyage à sa place. Hikaru rencontre de nombreuses personnes et vit de nombreuses aventures lors de son voyage pour le joyau légendaire.

Guts, le guerrier noir, promène son imposante silhouette de routes en villages. Sur son passage, les cadavres s’amoncellent et il laisse derrière lui des torrents de sang. Le corps vêtu de noir, il porte sur son dos une épée aussi haute qu’un homme. Sur son cou, une marque mystérieuse le condamne à être poursuivi jour et nuit par des démons. Puck, l’elfe facétieux, croise un jour le chemin de cette machine à tuer. Quelles horreurs a-t-il pu connaître pour être animé d’une telle soif de vengeance ? Alors que le monde sombre inextricablement dans le chaos, Guts règle ses comptes avec les forces démoniaques qui resserrent leur emprise sur la destinée des hommes. Une époque s’achève…

L'histoire se déroule dans un futur incertain. Les hommes ont perdu l'accès aux nouvelles technologies et se sont regroupés dans des cités-nations gérées par des êtres mystérieux, les Célestes. Daisuke travaille dans l'une de ces cités, Judoh, dans une section de prévention du crime avec son compagnon J, le seul robot autorisé par l'État. La mort du Don de la famille Leonelli, le clan mafieux le plus influent de la ville, va donner du fil à retordre à Daisuke et à J car Claire Leonelli, alias Vampire, va succéder à son père et est bien décidé à faire bouger les choses. Mais de fil en aiguille, les mystères de la ville de Judoh vont peu à peu refaire surface.

À une époque féodale, un jeune samouraï du nom de Yajirou Torajima surnommé le « Tigre de l'arrière-garde », est à la tête d'un petit groupe d'hommes. Ces derniers sont en pleine bataille pour retrouver leurs seigneurs. Pourchassé par des vilains, Yajirou se retrouve obligé de se cacher dans une source d'eau chaude mais il n'est pas tout seul. Il découvre une jeune femme du nom de Rushuna Tendou qui sous ses attitudes de fille naïve et innocentes semble être en fait une experte en matière d'arme à feu...

Ippo est un jeune lycéen de 16 ans qui n'a pas d'amis car il occupe tous son temps libre à aider sa mère pour tenir son affaire de pêche. Mais il ne sait pas encore qu'un prestigieux destin l'attend ; alors qu'il se faisait martyriser par la bande d'Amezawa, Takamura (un grand boxeur japonais) vient lui porter secours. Les voyous hors d'état de nuire Takamura emmène le jeune lycéen dans son club de boxe. Ippo remis sur pied, Takamura lui proposera de se défouler sur un sac du club avec un dessin de Furyô dessus. Là se révélera une grande force et Ippo se découvrira une passion pour la boxe. Après avoir visionné une cassette et passé le test de Takamura avec brio, il entrera dans le club de boxe de Kamogawa. À la surprise générale il tiendra tête à l'un des génies du club de boxe ce qui va attirer l'attention de l’entraîneur du club.

Kenzo Tenma est un médecin japonais travaillant en Allemagne. En 1986, il décide de sauver la vie d'un jeune garçon, désobéissant ainsi aux ordres de son directeur qui lui demandait de sauver en priorité celle du maire de la ville. Quelques jours plus tard, le directeur et deux autres responsables de l'hôpital sont empoisonnés.Neuf ans sont passées, en 1995, un événement similaire se produit et oblige Tenma à fuir. Sa fuite et sa quête de justice vont l'amener à découvrir une horrible vérité. Le jeune garçon qu'il avait sauvé dix plus tôt est en fait un véritable monstre : un être brillant, beau, mais avant tout un terrifiant tueur...

Il existe au sein de notre société des êtres dotés de pouvoirs paranormaux, appelés Sorciers. Depuis des années, une organisation secrète du nom de Solomon les traque. Cette organisation, basée en Italie et dirigée par des prêtres, possède une branche au Japon, la STN-J. Robin, une jeune fille de quinze ans, intègrera cette organisation où ses talents de manipulation du feu se révèleront bien utiles… Mais la STN-J a des plans bien précis en ce qui concerne les Sorciers capturés, et elle n'hésite pas à cacher des informations à Solomon…

Dans une société dystopique rongée par la corruption et les implants cybernétiques, un jeune de la rue talentueux et impulsif aspire à devenir un mercenaire hors-la-loi.