Nous sommes en 972 après J.-C. à Kyoto, la capitale de l'ancien Japon. Kyoto devient une ville corrompue et délabrée ; les samouraïs égoïstes et les onmyoji, qui ne se soucient que d'accéder au pouvoir politique, sont partout. Pour aggraver les choses, la ville souffre de famine et de maladies généralisées. Incapable d'ignorer plus longtemps l'état de la ville, la cour impériale décide d'envoyer Minamoto no Raiko, un célèbre samouraï bien connu pour ses talents de tir à l'arc, pour récupérer un joyau légendaire censé détenir le pouvoir mystérieux de sauver le monde. Cependant, Raiko tombe également malade. Au lieu de cela, sa plus jeune sœur, Hikaru, décide secrètement de faire le voyage à sa place. Hikaru rencontre de nombreuses personnes et vit de nombreuses aventures lors de son voyage pour le joyau légendaire.

Un jour de pluie, Matsuo Fuguno se fait bousculer par un passant trop pressé. Ses affaires s'étalent dans la rue dans l'indifférence générale. Ramassant ses feuillets détrempés une jeune femme lui vient en aide... Et c'est le coup de foudre ! Mais pour ce puceau gaffeur à la timidité maladive, il va être bien difficile de conquérir le cœur de la belle Nagisa-sensei, d'autant plus que la demoiselle est toujours vierge et qu'elle est du genre plutôt farouche...

L'histoire se déroule dans un futur incertain. Les hommes ont perdu l'accès aux nouvelles technologies et se sont regroupés dans des cités-nations gérées par des êtres mystérieux, les Célestes. Daisuke travaille dans l'une de ces cités, Judoh, dans une section de prévention du crime avec son compagnon J, le seul robot autorisé par l'État. La mort du Don de la famille Leonelli, le clan mafieux le plus influent de la ville, va donner du fil à retordre à Daisuke et à J car Claire Leonelli, alias Vampire, va succéder à son père et est bien décidé à faire bouger les choses. Mais de fil en aiguille, les mystères de la ville de Judoh vont peu à peu refaire surface.