L'histoire se déroule à "Kyokutō Hōreigai Tokubetsu Chiku" (Far East Special District Outside of the Law), une île artificielle flottante située dans la baie de Tokyo plus communément appelée "District 24". Nous allons y suivre le quotidien de trois amis d'enfance nés et élevés sur l'île : Ran, Koki et Shûta. Même s'ils proviennent de différentes classes sociales et qu'ils ont tous les trois des personnalités et des hobbies différents, ils traînent toujours ensemble. Cependant, leurs relations vont radicalement changer après un certain incident.Lors d'une cérémonie commémorative, un an après l'incident, les trois amis se retrouvent et leurs téléphones se mettent à sonner en même temps. L'appel provient d'un ami qu'ils croyaient mort et qui les oblige à faire un choix qui s'apprête à changer radicalement leurs vies...Chacun d'entre eux devra protéger l'avenir des habitants du District 24 de la façon qu'il juge juste.

Nous sommes en pleine ère Taishō, et le jeune Tamahiko Shima a perdu l'usage sa main droite suite à un accident. Bien qu'issue d'une riche famille, il est envoyé par son père en pleine campagne afin de vivre à l'abri des regards. Il apprend un jour que son père lui a acheté une épouse pour s'occuper de lui. Il fait ainsi la rencontre de Yuzuki une adolescente dévouée mais naïve. Grâce à elle, notre héros solitaire et pessimiste va apprendre à voir la vie différemment.

Après un mystérieux incident, Minato s'est juré de ne plus jamais jouer au water-polo... Mais, plusieurs années plus tard, il fait son grand retour dans l'équipe du lycée, plus motivé que jamais ! Guidé par sa passion, Minato va devoir faire face aux nombreux obstacles qui se dresseront sur sa route.

Considéré comme malfamé depuis ces événements, Akatsuki possède pourtant trois organisations chargées de faire régner l'ordre : Helios, Artemis et la Direction de la Sécurité Publique. Toutes trois employant des Scard, des agents que l'ont dit invulnérables aux balles et aux armes blanches.