Quatorze ans après la catastrophe nommée "Hammer of Eden" (Marteau du Paradis) qui a engloutit 90% des terres et tué 6 milliards d'êtres humains, les hommes ont fondés les Nouvelles Nations Unies. Aoi, la secrétaire générale des ces Nations Unies demande aux dirigeants des pays une coopération universelle.A Yabitsu, Keel, un jeune garçon turbulent parle avec son amie Isla, une jeune femme enceinte, quand tout-à-coup, un sous-marin nucléaire, l'Ulysse, commandé par Gould, déçu par la race humaine, déclare la guerre aux Nouvelles Nations Unies et attaque la ville.Alors qu'on ordonne l'évacuation, Isla a des contractions. Un jeune homme, Teen, portant l'uniforme des membres de l'Ulysse, aide à l'accouchement et leur donne son insigne pour leur permettre de s'enfuir.

Une étudiante de l'école de police s'intéresse à une vieille enquête non élucidée. Elle contacte l'inspecteur autrefois en charge du dossier mais celui-ci semble avoir disparu. En parallèle, des agressions de SDF se multiplient.