Quatorze ans après la catastrophe nommée "Hammer of Eden" (Marteau du Paradis) qui a engloutit 90% des terres et tué 6 milliards d'êtres humains, les hommes ont fondés les Nouvelles Nations Unies. Aoi, la secrétaire générale des ces Nations Unies demande aux dirigeants des pays une coopération universelle.A Yabitsu, Keel, un jeune garçon turbulent parle avec son amie Isla, une jeune femme enceinte, quand tout-à-coup, un sous-marin nucléaire, l'Ulysse, commandé par Gould, déçu par la race humaine, déclare la guerre aux Nouvelles Nations Unies et attaque la ville.Alors qu'on ordonne l'évacuation, Isla a des contractions. Un jeune homme, Teen, portant l'uniforme des membres de l'Ulysse, aide à l'accouchement et leur donne son insigne pour leur permettre de s'enfuir.

Recca Hanabishi, un jeune garçon pouvant contrôler les flammes, protège Yanagi, sa “princesse” comme il l’appelle. Celle-ci possède en effet un pouvoir qui attise les convoitises : un pouvoir de guérison. Et Koran Mori fait partie de ceux qui rêvent de l’exploiter. Pour cela, il n’hésite pas à utiliser Kurei, le maître des flammes maudit et demi-frère de Recca ! Un combat titanesque va opposer les deux frères et leurs coéquipiers avec comme enjeu, le destin de la planète !

Gon est un jeune garçon intrépide et aventureux qui vit chez sa tante Mito. Son rêve : devenir un Hunter, comme son père. Les Hunters forment une caste à part. Ce sont des personnes qui ont dédié toute leur existence à la recherche d'espèces rares, de mets inconnus, de territoires inexplorés ou encore de trésors enfouis. Mais pour en faire partie, Gon va devoir passer un examen particulièrement difficile truffé d'épreuves plus dangereuses les unes que les autres. Heureusement, il pourra compter sur son ingéniosité et sur son courage, ainsi que sur trois compagnons qu'il rencontre au cours de l'examen : Leorio, Kurapika et Killua. Ensemble, ils comptent bien triompher de tous les obstacles et obtenir l'un des trésors les plus convoités de la planète : la carte de Hunter !