Quatorze ans après la catastrophe nommée "Hammer of Eden" (Marteau du Paradis) qui a engloutit 90% des terres et tué 6 milliards d'êtres humains, les hommes ont fondés les Nouvelles Nations Unies. Aoi, la secrétaire générale des ces Nations Unies demande aux dirigeants des pays une coopération universelle.A Yabitsu, Keel, un jeune garçon turbulent parle avec son amie Isla, une jeune femme enceinte, quand tout-à-coup, un sous-marin nucléaire, l'Ulysse, commandé par Gould, déçu par la race humaine, déclare la guerre aux Nouvelles Nations Unies et attaque la ville.Alors qu'on ordonne l'évacuation, Isla a des contractions. Un jeune homme, Teen, portant l'uniforme des membres de l'Ulysse, aide à l'accouchement et leur donne son insigne pour leur permettre de s'enfuir.

Recca Hanabishi, un jeune garçon pouvant contrôler les flammes, protège Yanagi, sa “princesse” comme il l’appelle. Celle-ci possède en effet un pouvoir qui attise les convoitises : un pouvoir de guérison. Et Koran Mori fait partie de ceux qui rêvent de l’exploiter. Pour cela, il n’hésite pas à utiliser Kurei, le maître des flammes maudit et demi-frère de Recca ! Un combat titanesque va opposer les deux frères et leurs coéquipiers avec comme enjeu, le destin de la planète !