Quatorze ans après la catastrophe nommée "Hammer of Eden" (Marteau du Paradis) qui a engloutit 90% des terres et tué 6 milliards d'êtres humains, les hommes ont fondés les Nouvelles Nations Unies. Aoi, la secrétaire générale des ces Nations Unies demande aux dirigeants des pays une coopération universelle.A Yabitsu, Keel, un jeune garçon turbulent parle avec son amie Isla, une jeune femme enceinte, quand tout-à-coup, un sous-marin nucléaire, l'Ulysse, commandé par Gould, déçu par la race humaine, déclare la guerre aux Nouvelles Nations Unies et attaque la ville.Alors qu'on ordonne l'évacuation, Isla a des contractions. Un jeune homme, Teen, portant l'uniforme des membres de l'Ulysse, aide à l'accouchement et leur donne son insigne pour leur permettre de s'enfuir.

Gon est un jeune garçon intrépide et aventureux qui vit chez sa tante Mito. Son rêve : devenir un Hunter, comme son père. Les Hunters forment une caste à part. Ce sont des personnes qui ont dédié toute leur existence à la recherche d'espèces rares, de mets inconnus, de territoires inexplorés ou encore de trésors enfouis. Mais pour en faire partie, Gon va devoir passer un examen particulièrement difficile truffé d'épreuves plus dangereuses les unes que les autres. Heureusement, il pourra compter sur son ingéniosité et sur son courage, ainsi que sur trois compagnons qu'il rencontre au cours de l'examen : Leorio, Kurapika et Killua. Ensemble, ils comptent bien triompher de tous les obstacles et obtenir l'un des trésors les plus convoités de la planète : la carte de Hunter !

Dans la ville de Sugomori vit Katsuhira Akata, un lycéen qui vient d'apprendre qu'il a été sélectionné pour le programme Kizuna qui permet, à ceux qui y sont connectés, de partager et répartir leurs blessures et douleurs entre eux. Si ce programme a pour but de d'instaurer la paix dans le monde, il est malheureusement encore incomplet. Mais contrairement aux autres, Katsuhira possède une personnalité plutôt plate et ne ressent pas les émotions de la même façon...