Ère cosmique 70. La tragédie de la St-Valentin sanglante transforme les tensions qui existent entre la Terre et les PLANT en une guerre totale. Alors que tous prévoyaient une victoire de l’Alliance Terrienne, numériquement supérieure, les faits allaient démontrer le contraire. Onze mois ont passé depuis que le conflit s’est enlisé dans le statu quo. Kira, un jeune Coordinateur, vit et étudie avec ses amis Naturels sur Héliopolis. Leur quotidien sera chamboulé lorsque ZAFT attaquera la colonie censée être neutre…

Reiji est un lycéen connu pour abandonner très vite tout ce qu'il entreprend, il n'a pas de passion et se soucie peut des autres.Un jour, son amie d'enfance va lui faire découvrir un jeu virtuel, dans lequel chaque joueur possède un dragon unique. Le dragon de Reiji, à première vue, se trouve être paresseux et surtout petit.Pourtant le jeune garçon et son dragon vont vite faire preuve de grande capacité et c'est pour cela qu'une organisation va les faire voyager vers un nouveau monde nommé Rikyu où de nombreux changements l'attendent.

Il ne sait pas qui il est, mais il sait tout sur tout. Doté d'un étrange tatouage et d'une vision en noir et blanc, John Doe (nom utilisé pour les personnes inconnues aux Etats-Unis) est en quête de son identité. En possession d'un savoir immense, il en profite pour apporter son aide aux autres quand il le peut.