Il ne sait pas qui il est, mais il sait tout sur tout. Doté d'un étrange tatouage et d'une vision en noir et blanc, John Doe (nom utilisé pour les personnes inconnues aux Etats-Unis) est en quête de son identité. En possession d'un savoir immense, il en profite pour apporter son aide aux autres quand il le peut.

Un charismatique chef de syndicat de la police combat le crime, tout en luttant contre les pouvoirs en place, parfois corrompus, qui ne voient pas d'un bon œil ses méthodes.

Alors qu'un vaisseau spatial a été retrouvé au beau milieu du désert du Sahara, à des milliers de kilomètres de là, dans les environs de Washington D.C., plusieurs enfants semblent comme possédés par une force invisible qui les pousse à commettre des actes meurtriers sur leur entourage. Deux agents du FBI sont alors chargés de mener l'enquête, ignorant que la course contre une invasion extra-terrestre vient de commencer...